El Control Interno de Calidad (CI) se encarga del monitoreo continuo de la reproducibilidad de la fase analítica del laboratorio, identificando y eliminando errores inherentes al proceso de los análisis cuantitativos y cualitativos. Su propósito es mantener bajo control la variabilidad del proceso de análisis de ensayos y ofrecer una oportunidad para mejorar las actividades desarrolladas en el laboratorio.

Los materiales de Control Interno de Calidad que son fabricados por una entidad externa distinta al fabricante del analizador en cuestión son denominados de tercera opinión. Estos controles son herramientas para la evaluación del desempeño de varios modelos y marcas, a diferencia de los de primera opinión, que se encuentran dirigidos a solo un equipo o marca en específico. A través de un control de tercera opinión se ofrece una visión más amplia y permite realizar la comparación en diferentes sistemas y permiten detectar variaciones más sensibles, que no se perciben en los controles desarrollados por el fabricante (primera opinión).